Tout au long du processus de désignation des lieux sacrés des monts Kii comme patrimoine culturel et patrimoine naturel (dans le cadre d'un parc national), puis de leur inclusion dans la réserve de biosphère, pour finalement faire partie du bien du patrimoine mondial, les organismes religieux se sont vus officiellement accorder leur protection et leur gestion selon les connaissances traditionnelles transmises depuis des siècles, fondées sur des croyances religieuses et des valeurs sacrées. Par exemple, en raison de leur caractère sacré, les forêts vierges ont été conservées avec des interdictions strictes d'abattage par les différentes communautés religieuses. Les paysages montagneux sont interprétés comme des "mandalas" matérialisés par les bouddhistes Shingon, et les pratiquants du Shugendo reproduisent des "mandalas" en effectuant des pèlerinages et en pratiquant leurs pratiques ascétiques dans ces environnements naturels. Pour les pèlerins, les monts Kii représentent le paradis sur terre. Un autre exemple est la forêt sacrée de Nachi qui a été désignée comme "monument naturel" en vertu de la loi sur la protection des biens culturels, et dont la gestion a été confiée au sanctuaire shintoïste de Kumano Nachi, dans le cadre de son lieu sacré. La cascade de Nachi est considérée comme sacrée. Cela signifie que les eaux sacrées ne peuvent être ni touchées ni détournées.

Outre le patrimoine culturel désigné en vertu de la loi sur la protection des biens culturels appliquée par l'Agence des affaires culturelles, le bien contient des zones conformes au parc national de Yoshino-Kumano dont l'administration est confiée au ministère de l'Environnement et aux trois préfectures qui y sont rattachées : Wakayama, Nara et Mie, et leurs autorités locales. Le Conseil des trois préfectures pour les sites sacrés et les chemins de pèlerinage de la chaîne montagneuse de Kii, inscrits au patrimoine mondial, a d'abord été créé pour poursuivre la proposition d'inscription sur la Liste du patrimoine mondial et, après l'inscription, il est chargé de coordonner les actions de conservation et d'élaborer le plan de gestion. Les gouverneurs des trois préfectures en sont les présidents et vice-présidents, tandis que les maires et les responsables de l'éducation des municipalités en sont les membres. L'Agence des affaires culturelles y participe en tant qu'observateur. La protection des biens culturels est assurée en collaboration avec le département de la protection des biens culturels et du développement régional de chaque préfecture et le responsable de la municipalité. En outre, le Conseil est conseillé par un comité scientifique composé d'experts de plusieurs domaines.

Afin d'intégrer la culture Ifugao dans le programme scolaire formel, les enseignants doivent bénéficier d'un renforcement des capacités sur la culture Ifugao. Les enseignants, pour la plupart d'origine ifugao, ont oublié le système de valeurs de leurs ancêtres en raison du système éducatif moderne. Certains ont été formés en dehors de la région d'Ifugao. L'objectif est de former les enseignants à l'intégration de la culture dans les mathématiques, les sciences sociales et tous les cours, et de concevoir des matériels d'apprentissage et des modules qui incluent la culture Ifugao comme thème transversal. Les formations des enseignants sur l'élaboration des programmes locaux et la création de modules d'apprentissage sont en cours.

Les rizières en terrasses d'Ifugao sont entretenues par les familles, non seulement comme zones de production d'une culture de base, mais aussi pour la raison sentimentale que ces propriétés ont été transmises par leurs ancêtres. L'entretien des rizières en terrasses reflète principalement une approche coopérative de l'ensemble de la communauté qui repose sur une connaissance détaillée de la riche biodiversité existant dans l'agro-écosystème d'Ifugao, un système annuel finement réglé respectant le cycle lunaire, le zonage et la planification, la conservation extensive des sols et de l'eau, la maîtrise du régime complexe de lutte contre les parasites basé sur le traitement d'une variété d'herbes, le tout accompagné de rituels religieux. Pourtant, ces connaissances sont menacées par les changements socioculturels et le manque d'implication des jeunes, attirés par le mode de vie urbain et mondialisé. Afin de conserver les terrasses, la culture Ifugao doit être reconnue et le savoir indigène Ifugao transmis à la génération suivante. La stratégie durable proposée par SITMo consiste à intégrer la culture et le patrimoine dans le programme scolaire officiel afin de sauvegarder la culture Ifugao.

SITMo a développé un partenariat avec des institutions scientifiques locales telles que l'Université d'État d'Ifugao, qui travaille sur la désignation du Système de patrimoine agricole d'importance mondiale (GIAHS) de la FAO et a créé le Centre de recherche et de développement des rizières en terrasses d'Ifugao (GIAHS). En outre, dans le cadre de cette initiative, le SITMo travaille en coopération avec l'université d'État d'Ifugao, le ministère taïwanais de la science et de la technologie et l'université nationale Chengchi de Taïwan dans le cadre du projet "Center for Taiwan-Philippines Indigenous Knowledge, Local Knowledge and Sustainable Development", où les institutions partenaires explorent ensemble la sauvegarde et la transmission durables de leurs connaissances indigènes par l'échange et la recherche collaborative, ce qui permettrait aux communautés locales de se développer de manière durable. Un partenariat à long terme avec le département d'anthropologie de l'université de Californie à Los Angeles (UCLA) a été établi en 2012 pour entreprendre des recherches archéologiques sur les terrasses, ce qui a conduit à la création de galeries du patrimoine communautaire et à la publication d'articles scientifiques.

L'implication de toutes les parties prenantes dans la conservation du paysage culturel des Rizières en terrasses a nécessité le renforcement des réseaux existants, où les connaissances traditionnelles sur la construction et l'entretien des terrasses, transmises par le peuple Ifugao, ont joué un rôle essentiel dans leur rétablissement et leur conservation durable. En tant qu'organisation communautaire dont 99 % des membres sont des Ifugaos et qui s'appuie sur le Mouvement de reconstruction rurale des Philippines (PRRM), une ONG nationale travaillant sur des projets de développement communautaire, le SITMo disposait de bases solides pour nouer des alliances. Il a développé des partenariats avec les autorités nationales et les gouvernements locaux afin d'impliquer les communautés locales dans le processus de récupération des terrasses et de développer des stratégies durables pour leur conservation à long terme. Le SITMo s'est concentré sur l'organisation des agriculteurs dans les différents groupes du patrimoine mondial afin de discuter des problèmes auxquels sont confrontées les terrasses dans des groupes de discussion avec les communautés. Tout au long du projet, des recherches archéologiques et ethnographiques ont été menées en permanence par le SITMo en coopération avec des institutions universitaires, à savoir l'UCLA, l'Université des Philippines et l'Université d'État d'Ifugao.