ヤイゴヘ・アパポリス先住民保護区と自然国立公園の設立は、先住民族とコロンビア政府との新しい関係モデルの幕開けとなった。彼らの領土自治権や、彼らが伝統的に行ってきた文化的管理の権利を妨げることなく、彼らの生活システムの統治と統合的な保全を確保するためのメカニズムを模索する必要があった。公園が創設されると、その特別管理体制（REM）の策定プロセスが開始された。この制度は、コロンビアの自然国立公園（PNNC）とヤイゴヘ・アパポリス先住民隊長協会（ACIYA）が公園の共同管理を分担するための手段であった。REMの設立には、先住民コミュニティが提案し、GAIAアマゾナス財団の経験に支えられた、内部（あるいは内発的）調査手法が必要であった。この方法論は、アマゾンの先住民会議が発表したガイドラインに基づくもので、REMの設計を導くために、各コミュニティで収集すべきトピックを特定した。このアプローチは、3人の代表者とシャーマンを擁する先住民コミュニティの参加を促進するのに役立った。

ヤイゴジェ・アパポリス先住民保護区は、先住民であるタニムカ、ユカナ、レトゥアマ、マタピ、カバヤリ、マクナ、バラザノ、ユジュプ・マクーの要請により1998年に設立された。2008年、伝統的自治体および先住民隊長（ATCI）の臨時会議での合意により、これらのコミュニティは、保護区の範囲に重なる国立公園の設立を要請することを決定した。この要求は、生物多様性、彼らの聖地、そして結果として彼らの習慣、社会構成、環境的背景を危険にさらす可能性のある採鉱事業やその他の天然資源開発の開発を排除することを考慮したものであった。

ヤイゴジェ・アパポリス先住民保護区と自然国立公園の設立には、ゴードン＆ベティ・ムーア財団の技術的・財政的支援を受けたGAIAアマゾナス財団との長い協力関係がある。特別管理体制（REM）への移行を決定するには、地元の全面的な支持を得、先住民コミュニティの自治を確保し、彼らの伝統的なシステムを強化する必要があった。さらに、国との協定を確立するための交渉・調整能力も必要であった。

2000年7月に制定された国家保護地域法は、保護モザイク・アプローチを確立した。モザイクとは、「近接、隣接、重複する、同等または異なるカテゴリーの保護区（UC）と、その他の公的または私的な保護区の集合」のことで、各UCの目標に従って統合的に管理される。

社会と環境の対立を管理し、人的、財政的、物質的資源を最適化するという課題に対処するため、2010年にバホ・リオ・ネグロ保全モザイクが設立され、総面積は7,329,220ヘクタールで、ジャウ国立公園とウニニRESEXを含む11のUCによって統合されている。このアプローチの実施により、より広い地域の保護プロセスが優先され、モザイクの北にあるジャウ川とウニニ川、南にあるバホ・リオ・ネグロ川沿いの地域の景観統合管理が可能になった。保護区を機能的で相互に結びついた大きな単位の一部とみなすことで、管理計画の設計に参加型の手法を取り入れることが必要となり、地域とその自然資源の管理に関する意思決定プロセスに複数のアクターの参加を促した。

ジャウ国立公園は、アグアス・ネグラス川流域の大部分を保護する、世界最大級の熱帯雨林保護区である。2002年にブラジル政府が創設し、ブラジル生物多様性基金（Funbio）が管理するアマゾン地域保護地域プログラム（ARPA）によって、この保護地域は優先的に保護された。

ARPAプログラムには、地球環境ファシリティー（GEF）、ドイツ政府、世界自然保護基金（WWF）、経済社会開発国立銀行（BNDES）を通じたアマゾン基金、ムーア財団、そして現在は民間企業が資金提供者として参加している。このプログラムは13年間の予定で、アマゾンのバイオームにおける6,000万ヘクタールの保護区の保護を通じて、ブラジルのアマゾンの国立保護区システムを拡大・強化し、短期的・長期的にこれらの保護区を管理するための財源を確保することを目的としている。この計画は、3つの独立した継続フェーズで実施される：2003年から2010年までの第1段階、2010年から2015年までの第2段階、そして25年を期限とする第3段階である。

トウモロコシや大豆によって広大な草原が失われ、新たな草原を設置しようという動きもないため、この生息地に依存している野生動物への影響は避けられない。北米の草原は、この地域で最も絶滅の危機に瀕している21の生態系のひとつに数えられている。特に北米東部に残る多くの草原は、そのほとんどが農業景観の中に埋め込まれている。景観の変化により、絶滅の危機に瀕している多くの鳥類や、受粉媒介者を含むその他の野生生物は、生息地の創出、維持、健全性において、ますます農業コミュニティに依存するようになっている。

より多くの農家がスペルト小麦とその食糧生産における有用性を知る必要があり、アウトリーチと実証を通じて、他の農業生産者がローテーションにスペルト小麦を採用することは、農家収入を多様化させる有効な選択肢となりうる。

国立海洋保護区の成功は、その海洋監視と執行の質によって大きく左右される。パラオは小島嶼発展途上国（SIDS）であるため、自国の海域を適切にパトロールする資源が不足している。 PNMSの開発と実施の過程を通して、パラオは包括的な監視、制御、サーベイランス戦略を開発し、資金を提供するために、同胞国家、NGO、技術プロバイダーとの積極的なパートナーシップを求めてきた。 パラオは現在、今後数ヶ月間の監視と執行能力への多くの貢献を期待している。

サンクチュアリの資金調達スキームも斬新で、サンクチュアリ設立の法律により、観光客はすべて原始パラダイス環境料金（PPEF）を支払わなければならず、この料金はPNMSの監視、執行、必要な管理のために使われる。この年間150万ドルの収入を補うために、パラオのパートナーや友人たちからの寄付金集めや、寄付金を入れるためのサンクチュアリ基金設立の準備も進められている。

この追加資金の多くは、法律を執行するための包括的な監視・モニタリングプログラムの確立に充てられる。 この監視活動の強化は、ミクロネシア地域における近隣諸国や主要パートナーである米国、日本、オーストラリア、中華民国（台湾）との国境を越えた協力の継続と拡大に不可欠な要素である。

パラオの漁業管理には長い歴史がある。伝統的な酋長たちは、生物多様性と人々の生活と食糧安全保障の両方を守るために、脆弱なサンゴ礁域を何世代にもわたって「バル」と呼ばれる禁漁区に指定してきた。現代では、「海洋捕獲漁業は、対象となる市場種、とりわけマグロに直接的な影響を与えるだけでなく、偶発的に漁獲される多くの種にも大きな影響を与える可能性があり、そのうちのいくつかは特に乱獲に弱く、生息域を直接的に悪化させ、地域社会の構造やプロセスに広範な間接的影響や付随的影響を与える可能性がある」ということが広く受け入れられている。

この伝統的な保全方法を用いて、パラオは尾根から岩礁、そしてその先に至る「全領域」管理アプローチを作り上げ、最も野心的な構成要素はパラオ国立海洋保護区である。パラオはPNMSの実施を進めるにあたり、すべてのプロセスの最前線にBulのコンセプトを据えている。

自然保護協定は、気候変動への適応策と共同保護区の空間的一体性を財政的に持続させるために不可欠なものである。保護協定は、共同保護区の保護と資源の持続可能な利用の範囲を拡大することで、共同テリトリーの利用を可能にすると同時に、隣接する自然保護区の利用を可能にする。

保護協定は、関係当局（ECAや国立保護区の本部）との契約において、その地域の許可された利用を統合することで、共同体地域の管理と計画の調和に貢献する。その見返りとして、コミュニティは、EBAアマゾニア・プロジェクトが当初支援した生産活動（適応策）を拡大するための技術的・財政的支援を継続的に得るための重要な味方を得る。